Voici les résultats d'une étude d'identification classique et par séquençage menée sur 150 souches difficiles

Le taux d'échec d'identification par séquençage est très faible par rapport aux techniques classiques de microbiologie.

Nous essayons d'améliorer ce taux par des contrôles systématiques de pureté de l'échantillon :

• à réception de l'échantillon : si la souche nous paraît contaminée, elle est ré-isolée afin d'essayer d'obtenir une culture pure.

• après le séquençage : s'il y a contamination de la souche, il y a superposition des séquences, ce qui les rend ininterprétables. Dans ce cas là, nous refaisons une extraction de l'ADN, une PCR et un séquençage à partir de l'isolement que nous réalisons systématiquement dans la phase pré-analytique.