Le séquençage du gène codant l'ADNr 16S est un outil complémentaire à l'analyse des caractères phénotypiques utilisée pour identifier des bactéries. En effet, dans un certain nombre de cas, l'identification classique ne donne pas un résultat satisfaisant en terme d'identification (bactérie rare ou à croissance difficile, galeries non adaptées...). Le séquençage du gène ADNr 16S, présent chez toutes les espèces bactériennes permet d'améliorer la qualité de l'identification ou de confirmer une identification présomptive.